A medida que avanza el programa, sus habilidades fantasmales continúan desarrollándose y haciéndose mucho más fuertes, y gradualmente aprende a controlarlas.
[1] Durante el transcurso de la serie se emitieron 53 episodios distribuidos en tres temporadas.
Danny encuentra su nemesis en Vlad Masters un viejo amigo de su padre, Jack.
De esto se da cuenta cuando descubre que Vlad adquirió poderes fantasmas en un accidente hace 20 años tratando de construir un portal fantasma convirtiéndose en Vlad Plasmius y que lo alejo de Maddie, esto significa que es más fuerte y tiene más experiencia que Danny, además puede hacer más cosas como duplicarse 4 veces, etc. Y esta empeñado en quitarle todo a Jack Fenton, desde su esposa hasta su vida.
Para ello, hace que sus fantasmas causen caos y tomen control de personas que logren mostrar a Danny Phantom como el Enemigo Público N.º 1 Desde Dash hasta el alcalde de Amity Park.