Su padre quería ampliar las posesiones españolas en las islas Molucas e Indochina y había preparado en 1593 una gran expedición para tomar Ternate en las Molucas o Malucas, de donde los portugueses habían sido expulsados en 1575 antes de la unión peninsular, pero fracasó y fue asesinado en el intento.
Mandó dibujar el famoso Códice Boxer, de gran interés etnográfico.
También se saldó con escaso beneficio la muy discutida expedición a Camboya que ordenó a Juan Suárez Gallinato con Diogo Veloso y Blas Ruiz en auxilio del rey depuesto de Camboya.
El 14 de julio de ese mismo año entregó su gobierno al nuevo gobernador general Francisco Tello; este le comunicó el nuevo cargo que le daba el rey: jefe de los galeones del tornaviaje; se le ordenaba también embarcarse sin aguardar juicio de residencia.
Luis Pérez das Mariñas había consumido en su aventura los 20.000 ducados de la herencia paterna e intentó involucrar sin éxito al Consejo de Indias en esos proyectos, pero falleció combatiendo en Manila durante una sublevación de los sangleyes o residentes chinos sin llegar a ver cómo eran derrotados.