[6] Malinaltepec, al igual que una gran cantidad de municipios en La Montaña, se localiza en un área muy accidentada y sus alturas varían entre los 1.000 y los 3.000 metros sobre el nivel del mar.
La población de Malinaltepec, cabecera municipal, se ubica a una altura considerable de 1.510 metros sobre el nivel del mar, mientras que la comunidad de La Canoa es el sitio con más altura en el municipio, estando situada a 2.130 m s. n. m., y El Rincón el de menos, al estar a 600 m s. n. m.[8] El territorio municipal se sitúa casi en su totalidad dentro en la región hidrológica de Costa Chica-Río Verde, siendo sus principales recursos hídricos las cuencas de los ríos Papagayo (Norponiente), Ometepec o Grande (Oriente y Sur), Nexpa y otros (Surponiente).
[9] Otros recursos hídrológicos en el municipio son el río Malinaltepec y los arroyos Grande, Hondo, San Pedro, Rincón, Capulín, Iliate, Toronja, Víbora y Oxtocamac, Bandido, entre otros más.
[10] El régimen de lluvias en Malinaltepec es muy alto, pues en la zona oriente y centro, las precipitaciones llegan a alcanzar los 2.500 mm promedio anual, mientras que hacia el sur, poniente y norte, se manifiestan en los 2000 mm y hacia el norte en los 1.500 mm.
[13] La fauna que abunda en Malinaltepec se compone por diversas especies como el venado, gato montés, tigrillo, armadillo, conejo, puma, lobo, coyote, zorro, tejón, tlacuache, murciélago, águila, gavilán, picaflor, carpintero, escorpión, paloma, zopilote, iguana, entre otros más.
Dicho ayuntamiento lo conforma un presidente municipal, y un cabildo que a su vez es compuesto por un síndico procurador, tres regidores de mayoría relativa y dos más por representación proporcional.