Es el segundo jugador con más partidos oficiales disputados en la historia del Real Club Deportivo de La Coruña.
En esa primera temporada disputó un total 14 partidos, aunque ya en la recta final, alcanzó la titularidad que no abandonaría en los 3 años siguientes.
No es hasta la temporada 2004-05 cuando recupera la titularidad en la defensa del Deportivo de la mano del entrenador Jabo Irureta, que sería ratificada por su sustituto, Joaquín Caparrós, al año siguiente.
[cita requerida] En la temporada 2007-08 afrontó su 10.º año consecutivo en primera como capitán de la plantilla y retomando su papel protagonista en el club.
[6] En el año 2012 Manuel Pablo renovó por 5 años más con la entidad blanquiazul, el primero de los cuales como jugador y los cuatro restantes pasando a formar parte de la estructura técnica del club.
[9] En julio de 2016, con 40 años se retiró definitivamente del fútbol activo y se incorporó a la dirección deportiva del Deportivo de La Coruña tras haber disputado 482 encuentros en el cuadro gallego.