Sus abuelos paternos fueron Federico I Barbarroja, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico y Beatriz de Borgoña, y los maternos el emperador bizantino Isaac II Ángelos y su primera esposa Herina Tornikaina.
El emperador Federico II Hohenstaufen era su primo hermano.
En 1208, a la edad de siete años, María se quedó huérfana por la muerte inesperada de sus padres.
El 21 de junio, su padre fue asesinado por Otón de Wittelsbach, y dos meses más tarde su madre murió al dar a luz a una niña, que no viviría más allá de la infancia.
Menos de seis meses después, su esposo sucedió a su padre como duque de Brabante.