Jugaba como defensa central, destacando en Sport Boys y en el club donde se inició, Universitario, de la Primera División del Perú.
Martín Duffoo se inicia en Universitario donde permanece hasta 1985, luego pasa a jugar en el Cienciano del Cusco y el Juventud La Palma de Huacho.
Su primera experiencia en el extranjero fue en el club Luis Ángel Firpo en El Salvador, donde sale campeón en la temporada 1988-1989,[2] luego jugó en el Blooming de Bolivia.
De regreso en Perú se enrola al Sport Boys del Callao obteniendo dos subcampeonatos.
Tras su buen desempeño con los chalacos Sporting Cristal lo contrata en 1993, un año después regresa a jugar por Cienciano que ese año se había reforzado con varios juveniles de la "U" como José Pereda.