Desde su fundación la aerolínea tuvo problemas para pagar los salarios de sus empleados, a pesar de que operaba rutas que no eran explotadas, por el momento, por ninguna otra aerolínea, como la ruta Magadan-Anchorage que era operada regularmente por un Ilyushin Il-62 o un Tupolev Tu-154.
En 2004 el monopolio que tenía Mavial en el Extremo Oriente Ruso desapareció con la llegada de nuevas aerolíneas a la región; Vladivostok Avia, KrasAir, Dalavia, entre otros se convirtieron en una fuerte competencia para Mavial.
En junio de 2006, debido a una deuda que aumentaba cada vez más, la aerolínea canceló la gran mayoría de sus vuelos, convirtiéndose prácticamente en una aerolínea regional.
Dos días después, Aeroflot envía a tres tripulaciones de vuelo para apoyar a Mavial, a la vez que el gobernador Dudov se reunía con los huelguistas, quienes pedían que fuese saldada una deuda de 75 millones de rublos.
Varios días después se inicia una subasta para vender la compañía, la puja empezó en 26 millones de US$.