[4] Zero Mission presenta un mundo de desplazamiento lateral de plataformas no lineal, en el que el jugador debe explorar zonas y desbloquear nuevas a medida que recolecta power-ups.
[6] La entrega recibió elogios por su nuevo contenido, gráficos, jugabilidad y mejoras con respecto al original, pero fue criticada por su corta duración.
[7] Zero Mission recibió varios honores, incluido el puesto 46 en una lista de los 200 mejores juegos compilada por Nintendo Power.
[13] Tras acceder, Samus se entera de que los piratas han estado multiplicando a los metroides.
Las criaturas intentan aferrarse a ella para absorber su fuerza vital, mas terminan siendo eliminados por medio de su debilidad, ser congelados.
Samus debe explorar las cuevas que posee el planeta y poder derrotar a los piratas espaciales.
[15] El jugador debe investigar diferentes áreas y recolectar power-ups para mejorar las habilidades de la cazarrecompensas, así como a su traje y armamento, lo cual garantiza que ella tenga acceso a otro tipo de secciones que anteriormente resultaban inaccesibles.
[16] De entre los power-ups que se incluyen en Zero Mission, destaca la Morph Ball —«morfósfera» en español—, la cual le permite a Samus enrollarse en una pequeña pelota y poder adentrarse en los túneles y pasillos pequeños;[17] el Screw Atack es un movimiento similar a un salto mortal que puede infligir daño a los enemigos que se interponen en su camino.
[18] Además de los enemigos comunes, Samus se topa varias veces con ciertos jefes que ella necesita derrotar para poder avanzar.
Si el jugador mata a un enemigo normal, este puede soltar energía o municiones, mientras que si derrota a un jefe, incrementa su capacidad para llevar municiones, además de desbloquear una nueva área para explorar.
[27] El equipo de desarrollo quería recrear fielmente los gráficos del juego original, sin embargo debido a que el sprite de Samus era demasiado pequeño y las animaciones irregulares, descartaron la idea.
[29] Sakamoto mencionó que se intentó expresar la feminidad de Samus en el videojuego sin transformarla en un objeto sexual.
[34] Su anuncio no despertó el entusiasmo de los presentes del evento, según el medio francés, Gamekult, se debió a que Nintendo había lanzado frecuentemente remakes de sus juegos sin mejoras sustanciales.
En Metacritic, Zero Mission tiene un puntaje promedio ponderado de 89 sobre 100 basado en 50 reseñas críticas.
[48][50] Tanto Jeuxvideo como Eurogamer lo describieron como un tributo a la serie y unos de los mejores entregas para la Game Boy Advance.
Awards, la Academy of Interactive Arts & Sciences premió a Metroid: Zero Mission como «juego portátil del año».