El jugador recogerá artículos, resolverá puzles y hablará con personajes que no son jugadores a través de árboles de conversación para aprender sobre la historia y determinar qué hacer a continuación.
Sin embargo, a diferencia de los juegos previos de Telltale Games que tienden a llevar más matices o emocionales, incluyendo la muerte de personajes principales, Minecraft: Story Mode está dirigido como un título familiar, por lo que las decisiones seguirán siendo fundamentales y emocionales.
El juego incluye una serie de lugares que existen en la versión real de Minecraft que algunos jugadores tienen dificultades para acceder, incluyendo el Nether (Inframundo) el End y las Tierras Lejanas (Farlands en inglés).
Otros personajes dentro del mundo de Minecraft incluyen los seres humanos Petra (expresado por Ashley Johnson), Axel (Brian Posehn), Olivia (Martha Plimpton), Lukas (Scott Porter), Maya, Hiedra, Fangirl (GK Bowes), Owen Hill, Gill (Phil LaMarr), Aiden, Otis (Matthew Mercer), Usher (Jason 'jtop' Topolski), Ivor (Paul Reubens) Sigge, Fanboy (Billy West), Lydia (Dave Fennoy), Magnus el Pícaro (Corey Feldman), Ellegaard la Ingeniera del Redstone (Gris Griffin), Soren el Arquitecto (El Gris Griffin) y los cuatro miembros de la Orden de la Piedra de Jesse.
Luego de que sacaran la versión en físico, se podían comprar los demás episodios como si fueran DLCs.
La Batalla final contra el nuevo enemigo de Jesse llevará la pelea a Ciudad Faro, y el mundo podría no ser el mismo.
No hay historia específica porque el juego cambia según las decisiones que se tomen, pero sí tiene un objetivo, que es destruir una criatura del juego conocida como "La tormenta Wither" (Wither Storm en inglés).