La zona es relativamente ventosa, con vientos predominantes del oeste, y precipitaciones que fluctúan entre los 500 y 700 mm al año, con nieve en invierno.
Entre la fauna presente en Dos Lagunas se encuentran aves como el carpintero negro, el pitío, la cachaña, el zorzal patagónico, la tagua y el cisne de cuello negro.
Los mamíferos están representados por el zorro colorado, el zorrino de la Patagonia y el quirquincho grande.
La flora se caracteriza por ser una formación vegetacional correspondiente al bosque caducifolio de Aysén, siendo las especies más representativas el ñirre, el calafate, la frutilla chilena y el pasto miel.
Este monumento natural recibe una pequeña cantidad de visitantes chilenos y extranjeros cada año.