Si se les permitiese seguir sin control, los intensos combates debilitarían y romperían los reinos, trayendo el Apocalipsis.
En el ápice de la destrucción, las alianzas se romperán, y los pasados odios serán reavivados.
Su esposo Argus, protector de Edenia, construye entonces una pirámide que servirá de lugar donde ocurrirá la gran batalla, y luego hace que sus hijos, los semidioses Taven y Daegon, entren en estado latente en cavernas.
Taven luego viaja al templo de su madre en las montañas, donde había dejado armaduras para Daegon y para él.
Tras llegar al templo, descubre que ya había sido tomado por los Lin Kuei y se ve obligado a luchar contra sus guerreros, incluida Frost, quien reclamaba el medallón de los Lin Kuei, y el gran maestro del clan, Sub-Zero, quien identifica a Taven como un intruso.
Luego de explicarle sus intenciones a Sub-Zero, el templo es posteriormente atacado por guerreros oscuros.
Seguido de varias luchas contra guerreros oscuros, Taven se topa con Noob Saibot, a quien derrota tras una dura pelea.
Mavado, uno de los mercenarios del clan, comunica a Daegon que Blaze fue encontrado.
Luego de derrotarla, Shinnok le revela que ya no es un Dios Antiguo, y que había sido desterrado al Netherrealm con la intención de presidir, debido a una actitud indebida no revelada hacia los Dioses Antiguos.
Shinnok le revela que Taven deberá seguir abriéndose paso peleando contra más demonios y enemigos a lo largo del santuario.
Con ambos shokans derrotados, Shinnok le agradece a Taven el haber recuperado su trono, y le informa que su hermano ha ido del Infierno hacia la Tierra, acto seguido lo teletransporta hacia allí.
Saliendo del portal, Taven llega a la fortaleza de Shao Kahn en el Outworld (Mundo Exterior).
Adentrándose en ella, Taven tiene que abrirse paso enfrentándose a los soldados de Kahn.
Más adelante logra llegar al calabozo del castillo, donde se encuentra con Mileena, a quien derrota tras una pelea.
Posteriormente, se topa con Goro, el cual lo enfrenta bajo las órdenes de no dejar a nadie pasar.
Finalmente, Taven logra llegar a la sala del trono, donde se encuentran Shang Tsung, Quan Chi, junto con Onaga y Shao Kahn, tratando de formar una alianza.
Onaga entonces acaba aceptando, y con el trato hecho, se dirigen por un portal hacia Edenia para encontrarse con sus aliados.
Taven, luego de escuchar toda la conversación, se encuentra con Raiden, a quien pide que haga algo al respecto con ellos.
Taven finalmente llega a las ruinas edenianas, donde se topa con Scorpion, quien buscaba venganza contra los Dioses Antiguos por haberle traicionado, bajo la promesa de resucitar a su clan tras completar una misión, sin embargo, acabaron resucitando a su clan como no-muertos, y en un ataque de ira, Scorpion los envía para que acaben con Taven e impidan que termine con su misión, sin embargo, él los derrota fácilmente.
Taven entonces promete usar su condición de Dios Antiguo para encontrar otra solución y evitar el Armagedón.
Ahora podemos llevar el combate al aire, y hacer combos frenéticos mientras los luchadores están a varios metros por encima del suelo.
Cuando mayor sea el nivel de la Fatality, más monedas se le otorgaran al jugador.
Además, esta nueva técnica puede usarse ilimitadamente (a diferencia de los tres breakers disponibles en cada combate).
Durante la producción, el juego ofreció al menos 14 clases de personajes diferentes, que incluyen humanos, tarkatanos, ninjas, etcétera.
La historia se centra en Taven y Daegon, dos hermanos que fueron puestos en estado latente porque su madre Delia (una hechicera) y su padre Argus (el Dios protector de Edenia) previeron un evento catastrófico provocado por los luchadores de Mortal Kombat.
Se pueden recolectar varias reliquias, una para cada personaje (excepto para Taven, Chameleon, los dos luchadores que el jugador puede crear y Khameleon en la versión de Wii).
Es un minijuego que recuerda mucho al estilo de Mario Kart, a lo cual el propio creador Ed Boon lo comparó.
La lista de personajes jugables es: Scorpion, Sub-Zero, Bo' Rai Cho, Jax, Baraka, Raiden, Kitana, Mileena, Cyrax y Johnny Cage.
Khameleon fue el único personaje exclusivo, ésta estuvo disponible sólo para la versión de la Nintendo Wii.
Si bien GameSpot lo calificó como "un reemplazo decepcionante para los clásicos", IGN señaló que no haber establecido fatalidades añadía variedad a la jugabilidad.