A Machado se debe igualmente gran parte de la colección mineralógica, inicialmente con ejemplares procedentes del extranjero, por compra o intercambio, a los que se incorporan posteriormente ejemplares procedentes de excursiones.
Algunos de los ejemplares más notables del Gabinete fueron enviados por Machado a las Exposiciones Universales celebradas en París en 1867 y 1878.
Durante esta etapa, la cátedra de Historia Natural estuvo ocupada primero por Serafín Sanz Agud (1835-1909), y posteriormente por Félix Gila Fidalgo (1860-1912).
Especialmente importantes fueron la limpieza del herbario, y la reorganización de la colección mineralógica regional de Andalucía realizada por Pedro Castro Barea (1895-1971), que en 1922 ocupa la cátedra que Barras deja vacante por traslado a Madrid.
Entre 1922 y 1936 Castro retomará con dedicación el Gabinete de Historia Natural.
Asimismo, Castro consigue que en 1932 se dote una plaza de conservador del Museo.
Al comienzo de la Guerra Civil y por motivos políticos, Pedro Castro es expedientado y cesado en su cátedra, no siendo reintegrado a la Universidad hasta 1944, aunque esta vez como profesor de Botánica.
Entre ambos períodos será el profesor adjunto José Altamirano Durán, quién se ocupe de las clases.
Entre 1983 y 1990 se lleva a cabo la reordenación del Museo.
En el contenido del Museo destacan fondos de interés histórico, museístico, científico y didáctico.
Se han catalogado unos 1700 minerales, 17 meteoritos, 500 rocas y 3000 fósiles.
Es de esperar que esta modesta exposición sea el comienzo de la instalación definitiva del Museo con todos sus fondos y los medios audiovisuales necesarios para que cumpla con su finalidad educativa e investigadora y vuelva a ser un referente a nivel nacional.