La versión militarizada fue usada tanto por el Ejército Imperial Japonés (Ki-6) como por la Armada Imperial Japonesa (C2N1/2) en diferentes cometidos, como evacuación médica, transporte, entrenamiento o reconocimiento, siendo muy utilizado en los teatros bélicos de Manchuria y China durante la segunda guerra sino-japonesa.
Fue muy utilizado en los Estados Unidos por su versatilidad, e incluso el ejército se interesó, aunque no llegaron a ordenar ninguno; sin embargo, que tuvo más éxito con diversas compañías civiles extranjeras, en particular de Colombia, Argentina y Sudáfrica y fue construido bajo licencia por la filial canadiense de Vickers y a la compañía japonesa Nakajima Hikoki K.K..
El primer Fokker Super Universal llegó a Japón desmontado, y fue ensamblado por Nakajima para la Nihon Kōkū Yusō K.K.
Nakajima también cedió la licencia a su filial en Manchuria, Manshûkoku Hikoki Seizo que construyó 35 ejemplares del total.
Dos ejemplares especialmente modificados como aviones sanitarios fueron donados al ejército japonés por suscripción pública, el primero en 1932 y el segundo (con el motor carenado) en 1938, estando ambos equipados para transportar a piloto, copiloto, un médico o enfermero, dos pacientes en camilla y otros dos sentados.