Naoya Kondō (近藤 直也, Kondō Naoya?, nacido el 3 de octubre de 1983 en Tochigi) es un exfutbolista japonés que se desempeñaba como defensa.
Kondō fue elegido para integrar la selección nacional de Japón para los Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2003.
En 2012, Kondō jugó para la selección de fútbol de Japón.
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