[4] Habiendo ganado relevancia política, Castaño y sus aliados consideraban que esto les daba una posición importante a la hora de tener una gran negociación con el gobierno nacional que involucrara no solo la desmovilización de las guerrillas sino también de los grupos paramilitares y sus aliados en el narcotráfico.
[4] El Cartel de Medellín ya había entrado para entonces en conflictos con las autodefensas del Magdalena Medio, cuando al parecer estas destruyeron varias acciones de Escobar para introducir secuestradores en la región.
[5] Las autodefensas en respuesta habían empezado a aliarse con el rival Cartel de Cali y colaboraron en la Operación Centauro que fue lanzada contra Escobar en 1990.
Sus respectivos hermanos William Moncada y Francisco Mario Galeano también fueron ultimados.
Para entonces al parecer la relación entre Escobar y los hermanos Castaño, sus antiguos aliados, se había deteriorado por completo.
Altos oficiales del Bloque de búsqueda empezaron a cooperar con ellos y luego trabajaron estrechamente en conjunto con Los Pepes.
De inmediato la DEA y la CIA empiezan a colaborar conjuntamente con la policía colombiana y el reactivado Bloque de Búsqueda para iniciar una feroz cacería a Pablo Escobar.
Los involucrados, especialmente Hélmer «Pacho» Herrera, establecieron un fondo común para financiar la guerra, inicialmente con cinco millones de dólares.
Si bien los comunicados, miembros, métodos se mantuvieron ocultos y continuaron así a lo largo de varios años, se ha podido establecer que los jefes militares de la organización fueron los hermanos Fidel y Carlos Castaño Gil y también Diego Fernando Murillo alias «Don Berna», apoyados por la cúpula del Cartel de Cali y en alianza permanente con el coronel Danilo González de la Policía Nacional.
[20][21] En adelante, cada vez que la organización llevaba a cabo un asesinato o un ataque eran dejados mensajes y letreros en el lugar atribuyéndose tales hechos.
«Los Pepes» actuaron con las mismas tácticas intimidatorias que usaba el Cartel de Medellín.
[27] La amenaza permanente sobre la esposa e hijos de Pablo Escobar tendría un efecto desestabilizador sobre el jefe del Cartel.
Otros fueron arrestados[28] ya que se convirtieron en el siguiente objetivo del Gobierno Colombiano y la Policía Nacional posterior a la muerte de Escobar (al igual que Gilberto Rodríguez Orejuela, Miguel Rodríguez Orejuela, Hélmer «Pacho» Herrera, José «Chepe» Santacruz, los cuatro líderes del Cártel de Cali[28]) y otros se consolidarían como líderes de las autodefensas, que se agruparían años después bajo el nombre de AUC (Autodefensas Unidas de Colombia).
Estos documentos se han hecho públicos en el sitio web Pepes Project.