La pandemia de gripe A (H1N1), que se inició en 2009, entró en Estonia el 30 de mayo del mismo año.
Éste fue el 24º país en reportar casos de gripe A en el continente europeo.
[1] El 3 de junio, dos nuevos casos fueron confirmados.
7 nuevos casos fueron confirmados el 26 de junio.
Los otros cinco eran estadounidenses que estaban de viaje por Estonia.