Esta iglesia se encuentra en el centro del municipio, junto a la plaza Virreinal y la biblioteca municipal.
[1] Construida inicialmente en 1525 por los franciscanos como una pequeña Ermita, años más tarde se construiría la estructura actual; la cual ya se encontraba en funciones hacia 1546.
Cuando los jesuitas llegaron a Tepotzotlán en 1580 les fue cedida la administración de la parroquia, la cual tuvo reparaciones en 1602 y fue remodelada en 1618 revistiéndola de retablos dorados; los cuales actualmente se encuentran en la parroquia de Santa Bárbara Tlacatecpan, en Cuautitlán Izcalli.
Asimismo, esta era la iglesia del colegio de San Martín, de acuerdo a un plano elaborado en 1920 el espacio que actualmente ocupan las oficinas de la parroquia es donde debió haber estado el mismo, sin embargo lamentablemente la estructura actual es posterior al virreinato, lo cual indica que fue muy alterada o totalmente destruida en algún punto de 1767 y 1900.
Durante la colonia esta parroquia fungió como el templo de atención a los indígenas mientras que su templo vecino solamente servía a los españoles y criollos, práctica que comúnmente hacían los jesuitas.