Las HKs sufren una autofosforilación dependiente del ATP en un residuo His conservado en el núcleo cinasa.
Estos motivos han sido llamados H, N, G1, F y G2 boxes.
Las N, G1, F y G2 boxes están usualmente contiguas, pero la separación entre estos motivos es variable.
El núcleo catalítico forma un sándwich α-β consistente en cinco filamentos β antiparalelos y tres hélices α.
Hasta la fecha se han caracterizado cuatro isozimas humanas de la piruvato deshidrogenasa cinasa.