La historia se sitúa en 2641 d. C. (cinco años después de los acontecimientos de Contra III: The Alien Wars), en donde la amenaza alienígena ha terminado y la civilización se reconstruye.
Esto aumenta a los miembros del destacamento de fuerzas Hard Corps para investigar y vencer esta amenaza.
Esto queda reflejado en cinco diferentes finales buenos y uno malo.
En la versión europea, llamada "Probotector", los personajes principales y algunos enemigos fueron renombrados, como también el argumento del juego fue reescrito.
En este último, el Coronel Bahamut y Dead-Eye Joe están diseñando humanoides-extraterrestres.