Participaron los cuatro primeros clasificados de cada grupo de Segunda División B.
Esta modificación fue llevaba a cabo por la Real Federación Española de Fútbol.
Con este nuevo sistema se pretende premiar a las campeones de grupo.
El desarrollo es el siguiente: Equipos clasificados para la Promoción de ascenso a Segunda División, tras el fin de la fase regular, con fecha 10 de mayo de 2009.
Eliminatoria a doble partido entre los dos campeones de grupo de Segunda B que suben directamente a Segunda se disputarán el título de campeón de la Segunda B 2008/09.