El río nace en la desembocadura del Lago Quillén,[2] y recorre en dirección este aproximadamente 35 kilómetros antes de verter sus aguas al río Aluminé por su margen derecha.
[2] En el comienzo de su curso recibe por su margen derecha el aporte del río Malalco.
El Quillen superior es más inaccesible y no tan fácil de caminar.
[3] Su curso es muy valorado para la pesca deportiva pudiendo encontrarse truchas arco iris y marrones.
También amplias áreas cercanas a la margen del río se han utilizado para la forestación.