Rafael Márquez Lugo, ingresó a las fuerzas básicas de Club Universidad Nacional, cuando tenía 6 años.
En junio del 2007 se oficializó su traspaso a Pachuca, en compra definitiva.
Con la UAG registró 9 Partidos y 2 goles, al finalizar el torneo salió de la institución.
En junio del 2008 se oficializó su llegada al Club América, en calidad de préstamo por 1 año con opción a compra.
Durante dieciocho meses con los Potros de Hierro, jugó 44 partidos y realizó 14 anotaciones.
Sin embargo su llegada al conjunto Purépecha causó gran polémica entre la afición, debido a sus fracasos en Pachuca, Tecos y América, pero Márquez Lugo dijo en una entrevista que respondería en la cancha.
En la Temporada 2010-2011, conformó una de las mejores delanteras en la historia de Morelia, junto a Miguel Sabah y Luis Gabriel Rey, llegando a disputar la final del Clausura 2011 ante Club Universidad Nacional (Estadio Morelos 1-1 y Estadio Olímpico Universitario 2-1).