El nombre moro les fue dado por los castellanos desde el siglo XVI, con el que designaban a los musulmanes del norte de África.
No fue hasta el último cuarto del siglo XIX cuando el sultanato de Sulu reconoció formalmente la soberanía española, pero estas zonas siguieron estando vagamente controladas por los españoles, ya que su soberanía se limitaba a estaciones y guarniciones militares y a núcleos de asentamientos civiles en Zamboanga y Cotabato,[16] hasta que tuvieron que abandonar la región como consecuencia de su derrota en la guerra hispano-estadounidense.
Este periodo, que abarca desde el siglo XVI hasta finales del XIX, estuvo marcado por un conflicto constante entre las fuerzas coloniales españolas y el pueblo moro, los habitantes predominantemente musulmanes de Mindanao y el archipiélago de Sulu.
Los españoles, impulsados por sus objetivos de expansión territorial y conversión religiosa, intentaron extender su control a todo el archipiélago, incluidos los territorios moros.
Los guerreros moros, conocidos por su destreza en el combate naval y el uso de armamento avanzado, supusieron un formidable desafío para las fuerzas españolas.
Los españoles establecieron fuertes y guarniciones en lugares estratégicos, pero nunca pudieron someter completamente a los sultanatos moros.
El pueblo moro se mantuvo firme en su resistencia, impulsado por su compromiso con su fe y su deseo de preservar su autonomía.
La historia de resistencia del pueblo moro y su lucha por la autodeterminación son fundamentales para su identidad.
Este Homestead Program dirigido por Estados Unidos, que continuaron o copiaron las administraciones filipinas tras la independencia, se cita a menudo como una de las causas profundas de lo que más tarde se convertiría en el conflicto moro.