El área abarca bosque húmedos tropicales de tierra firme, inundables (llamados guandales) y manglares.
En las zonas de manglares hay varios ecosistemas acuáticos asociados a la inundación temporal por las mareas.
Este humedal es una laguna poco profunda (2 m), caracterizada por abundante vegetación acuática y flotante.
Los humedales integran el sistema estuarino más grande y mejor conservado del Pacífico Sur.
Esta área protegida también alberga importantes poblaciones de especies amenazadas a nivel global y endémicas del Chocó, como la pava de monte (Penelope ortoni), la guacharaca' colorada (Ortalis erythroptera), la chilacoa café (Aramides wolfi), la atila ocrácea (Attila torridus) y el mielero pechirrojo (Dacnis berlepschi).