Se encuentra a 20 kilómetros al noreste del lago Arenal, a 40 kilómetros al sureste de Upala, a 37 kilómetros al noroeste de El Tanque, a 90 kilómetros al noroeste de Ciudad Quesada, 155 kilómetros de la ciudad capital provincial de Alajuela y 183 kilómetros desde la ciudad capital nacional de San José.
San Rafael cuenta con un área de 303,99 km²[3] y una altitud media de 50 m s. n. m.[4] Para el año 2022, San Rafael cuenta con una población estimada de 8728 habitantes,[5] y para el último censo efectuado, en 2011, San Rafael contaba con una población de 7941 habitantes.
[6] San Rafael de Guatuso es un pueblo agrícola que también practica la ganadería y el cultivo de arroz.
La ciudad tiene una estación de servicio, bancos, clínica médica, farmacia y restaurantes pequeños.
Además cuenta con cabañas para hospedaje ya que es una zona de atracción turística.