La historia central de la franquicia gira en torno a una guerra interestelar del futuro entre la humanidad bajo UNSC, y una alianza alienígena conocida como el Covenant.
Los artefactos dejados por una antigua raza conocida como Forerunner desempeñar un papel central, en particular con las armas masivas, llamadas Halo, construidas para contener a los parásitos Flood.
Durante la historia, lo acompaña también el Inquisidor (aunque al principio ambos fueron enemigos y fueron héroes en sus bandos, luego se unen en la batalla), además del sargento Johnson y la comandante Miranda Keyes.
Johnson juega un rol importante en Halo 2 uniendo fuerzas con el Inquisidor para detener a Tartarus de activar la Instalación 05.
Johnson tiene inmunidad contra el Flood debido a que participó en el Proyecto Orion, también llamado Proyecto SPARTAN-I, así la radiación le da inmunidad a la infección.
Cuando el profeta del Pesar se retira de la Tierra, Keyes ordena al In Amber Clad seguirlo, así descubriendo la Instalación 05, que es otro Halo.
Fue construida clonando el cerebro de Catherine Elizabeth Halsey, la creadora del proyecto Spartan.
A diferencia de las entidades con inteligencia artificial Forerunner (343 Guilty Spark, 2401 Penitent Tangent), Cortana no posee forma física.
Su primera aparición cronológicamente es en Fall of Reach, cuando, como joven teniente, acompaña a la doctora Halsey en su misión para detectar posibles sujetos para el Proyecto SPARTAN-II.
El Sargento Johnson, sin embargo, sin saberlo, hace que Halsey reconsidere su posición, y ella decide «salvar a todos y cada miembro de la humanidad a partir de sí misma» en Halo: First Strike.
Cuando se acepta la necesidad de que la Humanidad haga alianza con las élites, el no es del todo feliz por eso.
Cuando el Jefe Maestro, Miranda Keyes, los Élites y varias fuerzas humanas optan por perseguir al Profeta de la Verdad a través del portal, Hood decide quedarse para tomar una posición defensiva en la Tierra y salvarla lo más que pueda de la aniquilación.
Se le fue encomendado la erradicación de los herejes en el planeta Threshold, así como la obtención del índice en la recién descubierta Instalación 05.
Después de su obtención, los Brutes finalmente traicionan a sus colegas Elites y al Inquisidor.
Durante la activación de Halo, Keyes es obligada por Tartarus a realizar dicha hazaña.
Posee una personalidad muy elocuente y se muestra siempre firme ante el dictado del protocolo de contención Flood.
Originalmente un humano, sus memorias le fueron transplanatadas a su actual cuerpo por su amigo "Iso-Didacta", la personificación benévola del Didacta.
Su cuerpo se asemeja a una gran venus atrapamoscas, con miles de tentáculos.