Así será como Shaggy (Matthew Lillard), Vilma (Linda Cardellini), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Fred (Freddie Prinze, Jr.)
), Daphe Blake (Sarah Michelle Gellar), Velma Dinkley (Linda Cardellini), Shaggy Roggers (Matthew Lillard) y el gran danés Scooby Doo.
También se encuentra Jeremiah Wickles (Peter Boyle), un antiguo villano que le tiene gran rencor a la pandilla.
Durante la gala, Shaggy y Scooby se ponen nerviosos al mirar el disfraz del Fantasma Pterodáctilo parpadear.
También ahí se encuentra Patrick Wisely (Seth Green), el encargado del museo y por quien Velma siente algo, sin embargo, a pesar de que se muestra que sus sentimientos son correspondidos, sus propias inseguridades la hacen negar una cita con él.
En la noche, las luces del museo se apagan inexplicablemente, seguido por un rayo que impacta en una ventana y asusta a todo el mundo.
La pandilla, intentando salvarlos, son amenazados por un Enmascarado, que asegura acabar con ellos y su reputación.
Sin embargo, Velma encuentra una entrada secreta usada por el fantasma para infiltrarse, y una rara escama encajada en la abertura.
Después de pasar varias desventuras, como ser atrapados en una esfera gigante al tocar el timbre, entran a la mansión, separándose para encontrar una pista.
Fred, Daphne y Velma descubren un raro libro en la biblioteca, al analizarlo, Velma descubre un antiguo texto celta, el cual es un manual detallado para crear monstruos reales y perteneció a Jacobo, deduciendo que posiblemente se lo entregó antes de morir.
Mientras tanto, Shaggy y Scooby, entre sus travesuras, descubren un papel que indica un lugar llamado el Fantasma Falso.
Daphne se enfrenta al fantasma mientras Velma usa el libro para encontrar algún punto débil.
De vuelta en su base, Shaggy y Scooby se escapan para dirigirse al Fantasma Falso.
Durante la cita, Patrick dice a Velma que, aunque le agrada su look, no es ella misma.
En la conversación, pasan por el museo, que está rodeado por policías y reporteros, mientras Velma sigue a Patrick dentro, Hether le pregunta a Fred sobre el robo de los disfraces, revelando que todos los disfraces de la exposición fueron robados.
Daphne confronta sola a Hether, quien le echa en cara que no tiene un papel específico en la pandilla.
Mientras deambulan en el lugar, se terminan encontrando con uno de los Esqueletos, al escapar, descubren un ascensor secreto y lo usan, llegando a un laboratorio subterráneo.
Sin embargo, la explosión causada por Shaggy y Scooby los hace ir al laboratorio, permitiendo que Wickles se vaya.
Sus amigos llegan y Fred, por indicación de Velma, logra arrancar el control circular para desactivar la máquina.
Decididos a que en la base los buscarán los monstruos, Velma sugiere otro lugar para esconderse.
Aquí, se dan cuenta de que antes resolvían sus casos únicamente por diversión y no por fama o demostrarle algo a alguien.
Shaggy y Scooby se entristecen al ver a sus amigos trabajar sin ellos, arrepintiéndose por haber activado sin querer la máquina.
Mientras tanto, Velma, Shaggy y Scooby intentan llegar a la cueva, pero la entrada era vigilada por los Esqueletos.
La chica pierde sus lentes, pero termina llegando a una rara habitación, se encuentra con un recorte de periódico y lo guarda al no poder verlo bien.
Mientras sigue avanzando, se da cuenta de que es un altar en honor a Jonathan Jacobo.
En ese momento, también llegan Fred y Daphne, quienes le preguntan sobre el control.
Ahí, revelan que el Enmascarado era realmente Hether Jasper-Howe, y que cuando Daphne la culpó, su camarógrafo, Ned, se pudo el disfraz y fue quien amenazó a la pandilla esa vez, para desestimar la teoría de la detective.
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