Al no recibir refuerzos de la capital mexicana decidió rendir la plaza a los liberales, siendo ésta ocupada por el general Pedro Ogazón.
Aprehendido a la caída de Querétaro, el 15 de mayo de 1867, fue condenado a muerte, suceso que dio origen a un hecho fuera de lo común, protagonizado por el general del Castillo y el general liberal Carlos Fuero, que narra con lujo de detalles Esperanza Dávila Sota: DÁVILA SOTA : "la víspera de su ejecución fuera puesto en capilla en el cuartel ocupado por las fuerzas del general Fuero, quien había sido subordinado suyo y le profesaba grandísima estimación.
Transcurridas tres horas, el general Sóstenes Rocha, llegó hasta donde Fuero dormía profundamente y le preguntó por el general Castillo.
Si no lo hace, me fusilan a mí y cuento concluido".
"Anécdotas prerrevolucionarias..." "De tan heroico hecho se enteran Mariano Escobedo y el mismo don Benito Juárez."