[7][8] Spirit Tracks sigue estrechamente a los eventos ocurridos en Phantom Hourglass, mostrando además un aspecto visual muy parecido al de The Wind Waker y Phantom Hourglass (cel-shading) de 2002 y 2007, respectivamente.
Los habitantes de la nueva Hyrule tienen un pacto con un demonio que gobernaba como rey en esas áreas.
Al no poder exterminarlo por completo, su única alternativa fue mantenerlo aprisionado en lugares remotos con cadenas y grilletes.
Dichos grilletes hicieron que Hyrule se extendiera a lo largo de cuatro direcciones, que pasaron a convertirse en los «carriles espirituales» («Spirit Tracks»), usados por la población como vías útiles de transporte (en la versión en castellano se les llama "vías sagradas").
Al salir del castillo, Link se encuentra con Bigboy, su maestro que le ha entrenado para convertirse en maquinista real.
Tras un impacto espectacular, el primer ministro decide hacerse cargo del grupo y vence a cada uno los protagonistas, mientras desvela su malvado plan: quiere liberar a Mallard, el maligno demonio mencionado previamente, cuyo espíritu se halla confinado en la Torre de los Dioses.
Spirit Tracks recibió, previo a su lanzamiento, el premio «Mejor juego portátil» en Gamescom 2009.
[11] Asimismo, fue seleccionado por IGN como el ganador absoluto en la categoría «Lo mejor de Gamescom 2009» para la portátil Nintendo DS.