Desapareció en el año 2013 y se debió porque el primer equipo descendió a la Primera B, el directorio del club decidió descontinuar este equipo para que el primer cuente con todos los jugadores del plantel.
Pero se acordó que en algún momento este club pueda volver a competir.
En este torneo el club Aconcagüino logró posicionarse durante casi todo el campeonato en el primer puesto de la tabla.
Pero en esta reunión también se acordó que en algún momento el filial podía volver a jugar.
Artículo Principal: Futbolistas de Unión San Felipe B Para el torneo del 2012 Omar Arcos utilizó a los jugadores de la plantilla del primer equipo que no eran considerados por el técnico, y además le dio la posibilidad de jugar a chicos que estaban en las divisiones inferiores del club.