[2] Se unió al Estrella Roja de Belgrado a la edad de diez años, pero su progresión allí fue eclipsada por Vladimir Dišljenković, por lo que -ya en edad sénior- fue cedido para adquirir experiencia al FK Leotar Trebinje, antes de incorporarse al FK Zemun.
Tras superar la lesión, no logró recuperar su puesto en el equipo.
En julio de 2008, se desplazó a Inglaterra para cerrar una cesión al Everton FC, que no llegó a concretarse, pues abandonó por propia voluntad el equipo.
Tras no entrar habitualmente en las alineaciones, en diciembre fue nuevamente cedido, esta vez al Wigan Athletic de la Premier League, hasta final de temporada.
Tras la no clasificación del seleccionado para la Eurocopa 2008, Clemente fue sustituido por Miroslav Djukic, que también siguió dando oportunidades a Stojkovic a pesar de sus irregulares actuaciones con su club.