Jovanović empezó a formarse como futbolista en las filas juveniles del FK Winner y del Estrella Roja de Belgrado.
Finalmente se unió al primer equipo en marzo de 2014 bajo las órdenes del entrenador Slaviša Stojanovič.
Hizo su debut el 9 de agosto de 2014, esta vez bajo las órdenes de Nenad Lalatović tras el cambio de entrenador, cuando sustituyó a Darko Lazić en un partido contra el Radnički Niš.
Sin embargo, tras dos años, el 20 de febrero de 2016, Jovanović se marchó traspasado al FC Zenit Saint Petersburg, para las próximas cuatro temporadas y media.
Jugó nueve partidos durante su cesión, y finalmente, al acabar la temporada, el Burdeos acabó comprando a Jovanović por tres millones de euros.