Estudia en Lurgan, y más tarde en Trinity College (Dublín), donde se recibe de Bachelor of Arts en 1880, y de Master of Arts en 1888.
Permanecerá como párroco por muchas parroquias (así como vicario en Saintfield en 1890, y rector en Greyabbey en 1912).
A partir de 1893, Waddell publica muchos artículos en Journal of Botany y Irish Naturalists.
Fue el primero en descubrir la rara Centaurea: Centaurium littorale en Irlanda en 1913.
Su importante herbario se conserva en el Museo Ulster de Belfast, que se donó en 1919 a la Universidad Queen de Belfast por su familia.