Tuvo dos hijas de esta relación Evelyn y Louella.
Recibió su grado en el año de 1906 y se convirtió en integrante del grupo de trabajo del observatorio Dominio en Otawa, Canadá.
En 1913 el gobierno canadiense aprobó el proyecto de construcción de un telescopio reflector más potente contando con la colaboración dell Dr. Harper en una comisión nacional para la búsqueda de la ubicación para el observatorio - inicialmente propuso podría ser Victoria- pero tras realizar observaciones desde varios sitios se definió a la colina del observatorio (Observatory Hill), ubicada en Saanich, Columbia Británica como localización definitiva del observatorio astronómico Dominio (Dominion).
En 1918 el observatorio fue completado y un año después el Dr. Harper fue transferido a este sitio.
Se convirtió en director asistente del observatorio en 1924 y luego, en 1936, fue su codirector.