En 1989 conoció a Milko Đurovski, jugador yugoslavo que estaba haciendo el servicio militar en Maribor, quien le abrió las puertas del fútbol profesional.
En 1993 fue contratado por el Vitória Guimarães de Portugal, donde jugó hasta 1996, cuando fichó por el FC Oporto.
Su mejor actuación con la selección fue la clasificación para la Eurocopa 2000 celebrada en Bélgica y los Países Bajos, donde Zahovič marcó tres de los cuatro goles que consiguió su equipo, no pudiendo evitar ser eliminados en la primera fase.
También disputó la Copa Mundial de Fútbol 2002 celebrado en Corea del Sur y Japón.
Tras el primer partido del campeonato, disputado frente a España, Eslovenia perdió por 3-1, Zlatko fue expulsado de la selección por sus problemas con el seleccionador Srečko Katanec y regresó a Eslovenia.