Pasó luego al Seminario Menor de Popayán, dirigido por los Misioneros Redentoristas, donde estuvo 4 años, debiendo retirarse por problemas económicos.
La bebita de Gloria murió pocos días después; quedaron huérfanos sus otros tres hijos.
A finales de 1982, las Comunidades y Grupos Cristianos del Cauca publicaron un comunicado a la opinión pública, en el cual denunciaron la escalada de amenazas contra Álvaro.
Lejos de dejarse vencer por el terror, en 1983 Ulcué decidió ampliar sus perspectivas y visitó a las organizaciones indígenas del Ecuador y luego a las del Vaupés en la Amazonia colombiana.
Álvaro ayudó a llevar estos heridos al hospital, celebró misa en la tierra recuperada.
El 8 de noviembre de 1984 el Ministro de Defensa, general Óscar Botero Restrepo, llegó a visitar la tropa con otros dos generales del Ejército Nacional (Ariza y Díaz Sanmiguel) y Álvaro los invitó a una reunión en la Casa Cural para aclarar diversas acusaciones que los militares hacían contra él.
Al saber la noticia Ulcué dijo: Entre las exhortaciones a la comunidad señaló: El sábado 10 de noviembre de 1984, hacia las 8:30 a. m. a la entrada del albergue Santa Inés, en Santander de Quilichao, el sacerdote Álvaro Ulcué Chocué fue atacado a bala por dos sicarios Miguel Ángel Pimentel y Orlando Roa pertenecientes al F2 de la Policía Nacional que se movilizaban en motocicleta.
Religiosas que estaban cerca del lugar, lo introdujeron en un taxi y lo condujeron al hospital de la localidad a donde llegó con vida.
La figura de Ulcué sigue asociada a la lucha por la organización, la autonomía y el territorio indígena.