La comuna comprende la isla homónima y algunos islotes menores.
La altitud máxima del archipiélago es de 26 m.[3] El municipio de Île-Molène incluye la isla de Molène propiamente dicha y el islote de Ledenez Vraz, al que se puede acceder por un istmo intermareal que permanece descubierto en las mareas bajas.
Las demás islas del archipiélago pertenecen al municipio de Le Conquet, situado en la costa.
Esta reserva se encuentra en el límite del Parque Regional de Armorique.
Molène pertenece también al parque natural Marino de Iroise, creado en 2007.