Así, UPN, referente autonómico del PP y partido más votado en esa fecha, lo consideraba innecesario y un paso adelante en el intento de incorporar Navarra al País Vasco y Herri Batasuna, segundo partido más votado, lo creía insuficiente.
El convenio fue enviado a las Cortes para su tramitación parlamentaria[1] con la firma del Lendakari del Gobierno Vasco, José Antonio Ardanza y del presidente del Gobierno de Navarra, Javier Otano, pero las circunstancias cambiaron súbitamente cuando el presidente navarro presentó, pocos días después, su renuncia a todos los cargos que ostentaba (18 de junio de 1996) al desvelarse ese mismo día en un periódico su participación en el llamado Caso Otano.
Tras este hecho el PSOE apoyó el aplazamiento de la votación para la aprobación del Convenio[2] y posteriormente fue retirado.
La idea quedó en el olvido hasta el año 2005, en el que fue planteada una moción parlamentaria por EA que instaba al ejecutivo foral a crear un órgano común, siendo esta moción rechazada por PSOE y UPN.
Durante el año 2006 el órgano volvió a sugerirse ocasionalmente por varios partidos y dirigentes políticos[6] suscitando la frontal oposición de UPN y CDN,[7] así como la del secretario general del PSN:[8]