Actualmente se desempeña como delegado deportivo de Millonarios Fútbol Club.
Luego fue técnico del equipo profesional en el Torneo Finalización durante 15 partidos junto con su asistente Nilton Bernal.
Durante esta etapa Cortés se ganó el apodo del "Kinder" ya que casi la totalidad de los jugadores que dirigió eran debutantes o tenían muy poca experiencia, tan solo tenía en su nómina 3 jugadores con recorrido (Bonner Mosquera, Héctor Burguez y Gato Pérez) quienes fueron sus compañeros años atrás.
El 23 de agosto de 2012 regreso a Millonarios para trabajar como delegado deportivo, en reemplazo del "Finado" Héctor Javier Céspedes quien falleció ejerciendo el cargo.
En su partido número 534 ejerciendo como delegado deportivo de Millonarios y enfrentando al Junior por la cuarta fecha del cuadrangular semifinal del Torneo Apertura 2022, Cortés es sancionado por parte de la Dimayor en un total de ocho fechas tras agredir al final del partido al jugador Walmer Pacheco.