El 5.º Ejército fue fundado el 25 de agosto de 1939 en el Wehrkreis VI con el General Curt Liebmann al mando.
También incluía la 58.ª, 87.ª, 78.ª y 268.ª Divisiones en el ejército de reserva.
Durante este periodo, conocido como guerra de broma, no tuvo lugar ninguna acción en su sector de la Línea Sigfrido.
El 13 de octubre fue transferido al este como Alto Mando de la Sección Fronteriza Central (Oberkommando Grenzabschnitt Mitte).
Este sirvió como fuerza de seguridad en la ocupada Polonia.