El equipo jugó en la National Premier Soccer League entre 2016 y 2019.
Fundado en 2014, el AFC Ann Arbor se unió a la Midwest Region de la National Premier Soccer League (NPSL) en la temporada 2016, bajo la dirección técnica de Eric Rudland, exentrenador del Lansing United.
[1][2] Logró clasificar a los play-offs en su primer año, y fueron eliminador por el AFC Cleveland en la tanda de penaltis.
[6] Además comunicó que se integrará a la USL League Two para la temporada 2020.
[7] El defensor Lars Eckenrode fue el primer jugador del club en ser seleccionado por un equipo de la MLS en un SuperDraft.