Luego se convirtió en instructor en la Escuela de Estado Mayor Iraquí en el mismo año.
Mantuvo reuniones secretas periódicas con Mulla Barazani y fue fundamental para llevar la guerra civil kurda a un final pacífico.
Pero poco después fue depuesto por un golpe de Estado del Partido Baaz y exiliado a Marruecos como embajador en Rabat.
Las personas más cercanas al general al-Naif hablan de él como un político independiente, con ideas revolucionarias.
Después de su deposición, al-Naif fue exiliado a Suiza, donde se desempeñó como representante ante las Naciones Unidas en Ginebra.
Se desconoce por qué decidió abandonar el norte de Irak, pero mantuvo estrechas relaciones con los líderes kurdos y la oposición iraquí al Partido Baaz.
Como la evidencia mostró la participación del gobierno iraquí en el asesinato de al-Naif, Gran Bretaña cortó las relaciones diplomáticas con Irak y ordenó a todos los diplomáticos iraquíes que se fueran de Gran Bretaña.
Shakir fue canjeado por dos rehenes británicos arrestados en Irak después del asesinato de al-Naif.