Su entrenamiento no duró mucho, pues el Imperio del Japón ocupó Indonesia.
Bajo la ocupación japonesa, Nasution permaneció en Bandung y trabajó como funcionario público.
Cuando tomaron por la fuerza la ciudad de Madiun en Java oriental, todos sabían que la situación solo podía ser resuelta por la violencia.
Cuando las noticias llegaron al cuartel general del TKR en Yogyakarta, se llevó a cabo una reunión de la cúpula.
Otros líderes, como Dipa Nusantara Aidit, se marcharon al exilio a China.
Nasution, junto con otros comandantes del ejército, se retiraron al campo para llevar a cabo una guerra de guerrillas.
Aunque todo parecía perdido en 1948, la suerte se volvió a favor de los indonesios en 1949.
Para protestar contra la interferencia civil en asuntos militares, Nasution y Simatupang hicieron que sus tropas rodearan el Palacio Presidencial y que apuntaran las torretas de sus tanques en dirección a dicho edificio.
Inmediatamente, empezó a trabajar en el ejército y su estructura adoptando una aproximación triple.
En este sentido, encontró una afinidad con Nasution y el ejército, quienes no habían olvidado la forma en que los civiles interfirieron en los asuntos militares en 1952.
Bajo este ordenamiento, los comandantes regionales eran capaces de interferir en asuntos civiles tales como los temas económicos y administrativos.
[6] A instancias del propio Sukarno, el Ejército también comenzó a participar en política, ocupando posiciones que iban desde ministros hasta gobernadores provinciales e incluso en miembros del Consejo de Representantes.
En diciembre de 1957, Nasution aumentó aún más el rol del ejército al ordenar a los oficiales que tomaran las recientemente nacionalizadas compañías holandesas.
En Java central, Nasution declaró que las Fuerzas Armadas de Indonesia (ABRI) debían adoptar una vía media en su acercamiento a la nación.
Según Nasution, las ABRI no debían estar bajo el control de los civiles.
Al mismo tiempo, estas no debían dominar la nación en tal manera que se convirtiera en una dictadura militar.
Como jefe del ejército, Nasution habría estado involucrado en la movilización de las tropas a Sumatra; sin embargo, sería su lugarteniente, Ahmad Yani, quien debelaría la rebelión en su nombre.
Durante la lucha por la independencia, Sukarno había percibido siempre que Nueva Guinea Occidental estaba incluida en Indonesia.
Ahora como general de brigada, Suharto fue comisionado por Nasution para crear una unidad fuerza estratégica que estaría lista para ser llamada a acción en cualquier momento.
Para este partido, una alianza con Sukarno solo le traería beneficios dada su influencia creciente en la política indonesia.
Nasution desconfiaba de la influencia del PKI sobre Sukarno y, por su parte, este tenía conocimiento de que Nasution no estaba contento con el papel del PKI y que actuó para debilitar su poder.
En esa posición menos poderosa, Nasution comenzó a pensar en otras maneras de detener el ascenso del PKI.
Durante esta sesión, Nasution hizo que el Partido Nacional Indonesio de Sukarno, así como los miembros del ejército presentes, propusieran la moción para que Sukarno fuera nombrado Presidente vitalicio.
La reunión no tuvo éxito en lograr que Yani se distanciara de Sukarno, pero acordaron mantener seminarios en los cuales los oficiales pudieran hablar sobre el clima político del momento y el rol del ejército en la política.
Nasution evitó el tiro por poco y cerró la puerta mientras su esposa lo apremió a escapar por una ventana.
Nasution logró huir a la casa del embajador iraquí, quien daba la casualidad que era su vecino, y se escondió en su jardín.
La hermana de Nasution se recuperaría, pero su hija Ade Irma Suryani fue herida fatalmente.
Una vez allí, Nasution envió un mensaje a Suharto en el cuartel general del comando de reserva estratégica Kostrad, en el que le decía que estaba vivo y a salvo.
[14] No obstante, justo cuando Suharto empezó a trabajar, llegó un mensaje de Sukarno desde Halim.
En esa reunión se decidió que Pranoto fuera nombrado comandante del ejército.