Reclutados aproximadamente trescientos hombres entre profesores y alumnos, sirvieron de escolta a la Junta Central Suprema en su retirada a Andalucía en diciembre de 1808.
Las fuerzas llegaron a los aledaños de Sevilla el 31 de diciembre y fueron recibidas con múltiples vivas y vítores.
Meses más tarde llegó a la ciudad el Coronel de artillería, Mariano Gil de Bernabé, que propuso a la Junta Suprema Central la constitución de una Academia Militar que formase suboficiales y oficiales entre los universitarios que formaban el Batallón y los que pudieran llegar en el futuro, de los que estaba escaso el ejército y la Milicia Nacional.
Después de varias peticiones y con el apoyo de algunos oficiales que también habían servido en Segovia formando Cadetes, la Junta acuerda la creación el 14 de diciembre, aprobándose el Reglamento de formación, orden y servicio que debía cumplirse.
Con la toma de Sevilla, la Academia volvió a convertirse en Batallón con la orden de poner a buen resguardo los caudales públicos que gestionaba la Junta, dirigiéndose a Ayamonte.