La institución tuvo su origen en las tertulias que durante la década de los treinta, en el siglo XVIII, celebraba un grupo de médicos y farmacéuticos en Madrid, en casa del doctor José Ortega y Hernández, la llamada Tertulia Literaria Médica.
La corona decidió institucionalizarlas como Real Academia de Medicina Matritense en 1734.
Las tareas literarias consisten en experimentar los nuevos remedios y específicos; censurar las memorias y obras médicas; publicar programas; mantener correspondencias con otras academias y formar la historia natural médica de España.
Además, ilustrar a las autoridades en todos los ramos de policía médica, como son construcción de hospitales, lazaretos, cárceles, cementerios, canales, nuevas poblaciones, iglesias, teatros, fuentes y balnearios de aguas medicinales, además de asesorar en la construcción de instalaciones sanitarias, nuevas poblaciones y lugares públicos.
Las juntas ordinarias eran cada quince días y se celebraban en la sala de juntas del Real Hospital del Buen Suceso; el Real Decreto de 28 de abril de 1861, tras largos años de trabajo, reconoció su importancia científica y social y la transformó en la Real Academia Nacional de Medicina.