Tras época romana el acueducto siguió abasteciendo a la ciudad hasta después del siglo XVIII a través de diferentes fuentes ya desaparecidas como: Existen algunos documentos escritos que hablan de esta construcción, el más antiguo del siglo XV usando probablemente fuentes más antiguas, de entre los siglos XI y XIII algunas de ella árabes, pero quizá la más conocida es la mención que hace Rodrigo Caro en el año 1635:
En esa época la ciudad contaba con no más de 5.000 habitantes, por lo que resultaba extraña tal obra para tan pequeña villa.
El caudal de las aguas disminuyó sensiblemente al encontrarse algunas galerías semibloqueadas por escombros.
El desconocimiento científico de la estructura y funcionamiento del acueducto era patente, sustentándose incluso más en la información oral que en las pocas citas antiguas sobre la obra.
Esta imperiosa necesidad de agua provoca que desde la misma prensa local se critique a las autoridades, que antepusieran el uso industrial del agua al civil y que impidiera el propio desarrollo y modernización de la ciudad: Ya en el siglo XX se acometieron nuevas reformas como la de 1906 en la que se agrega una tubería nueva hasta San Pedro y pequeñas mejoras pero las inversiones se encontraban encaminadas a construir un moderno suministro de agua al núcleo urbano.
Este tomó forma aérea, subterránea o mixta según la orografía del terreno.
Estos datos, se basan en el único tramo estudiado, la galería de la Fuente Vieja y que estuvo en uso hasta época relativamente reciente.
Se cree que existe una segunda galería similar a ésta algo más al sur.
Durante los siglos posteriores, con pequeñas remodelaciones y la apertura y abandono de fuentes, siguió siendo la mayor infraestructura de la ciudad aunque el acueducto en sí fuera lentamente quedando en el olvido.
Ya en época cristiana las “Actas Capitulares” del ayuntamiento recurrentemente hacen alusión al acueducto en cuanto a reparar y desatascar parte de él.
En la actualidad esta construcción, e incluso la antigua Fuente Vieja, resulta desconocida para la mayoría de onubenses.
Su mal estado y su difícil acceso ha propiciado que no sea una obra reconocible siquiera monumento.
Caudal que se pierde por un desagüe, salvo el aprovechamiento puntual que hacen unas personas para regar las verduras y hortalizas de un huerto situado en las proximidades de la Fuente Vieja.