El adaptacionismo ha sido criticado por autores como Stephen Jay Gould y Richard Lewontin.
Stephen J. Gould resume el "programa adaptacionista" en los siguientes argumentos: Gould y Lewontin (1979) resumen del siguiente modo de proceder del programa adaptacionista: D'Arcy Thompson en su obra El crecimiento y la forma fue uno de los primeros críticos del programa adaptacionista darwinista.
Gould y Lewontin denominaron al adaptacionismo "paradigma panglossiano", en alusión al Doctor Pangloss, personaje con el que Voltaire caricaturizó a la filosofía de Leibniz en su novela Cándido y según el cual "todo existe necesariamente para el mejor de los fines".
El caso más ilustrativo es el de los rasgos que Gould y Vrba denominaron "exaptaciones".
[1] La historia de esta polémica ha sido profusamente estudiada por Cronin (1992) y Segerstråle (2000).