En 1933 pasó a River Plate, club con el que debutó en la Primera División de su país en 1935 y en cuyo plantel permaneció hasta 1946, convirtiéndose en una auténtica leyenda.
Tras abandonar River Plate (donde también fue compañero de Néstor Raúl Rossi y Alfredo Di Stéfano), inició un periplo que le llevó, seducido por una millonaria oferta a Club Atlético Atlanta (1947), Huracán (1948) y Millonarios de Bogotá.
Con este último conjunto jugó desde 1949 hasta 1954 y además fue director técnico desde 1950, ganando en cuatro ocasiones la Liga de Colombia (1949, 1951, 1952 y 1953), además la Pequeña Copa del Mundo de Clubes en este último año.
El equipo fue apodado "El Ballet Azul" y Pedernera al igual que en River Plate fue reconocido como uno de los mejores jugadores en la historia del club colombiano.
El 11 de junio, asistió a su primer partido con los Millonarios, en el que derrotó al Club Atlético Municipal (hoy Atlético Nacional) con una marcador de 6-0.
La prensa de Bogotá recibió bien a Pedernera, comentó al día siguiente que el Maestro era «un fenómeno, un artista, un maestro del pase, y una demostración de inteligencia.
De acuerdo con Di Stéfano, el equipo jugó con el «5 y baile» la estrategia, en la que se trataría de no humillar a sus oponentes por marcador, cuando ganaban por cinco goles.
En esta época Millonarios derrotó a otros equipos fuertes en su momento: Club Atlético Huracán de Argentina, Club Bolívar de Bolivia, Rapid Wien de Austria e incluso a su antiguo equipo River Plate, que había ganado la Primera División Argentina 1952 y 1953.
En 1960 el Maestro estuvo nuevamente en Colombia, ahora como jugador-entrenador del América.
El equipo cafetero quedó eliminado en primera ronda, pero consiguió un valioso empate 4-4 ante la antigua Unión Soviética.
En 1969, Argentina no logró llegar a la final de la Copa del Mundo al quedar eliminado en la fase de clasificación, fue con mucho pesar y para nada retira prestigio al gran jugador y entrenador que Pedernera fue.
En 1994, Pedernera se reunió por última vez con sus amigos de toda la vida Alfredo Di Stéfano y Pipo Rossi en la Feria Internacional del Libro en Bogotá.