En los años posteriores se incrementó el comercio y el tráfico marítimo, para 1850 se habilitaron escolleras y un canal de acceso, en 1870 el presidente Porfirio Díaz inauguró el primer muelle y años después se completó la construcción de cuatro muelles, tres almacenes, los diques y el dragado.
[1] Se atribuye a doña Carmen Romero Rubio, segunda esposa de Porfirio Díaz y originaria de Tamaulipas que la aduana se estableciera del lado norte del río y no del sur que pertenece a Veracruz.
[2] El 9 de enero de 1937 llegó a esta Aduana un buque petrolero donde viajaba el político ruso León Trotski y su esposa Natalia Sedova,[3] a su arribo fueron recibidos por Frida Kahlo y Diego Rivera quienes intercedieron ante el presidente Lázaro Cárdenas para ofrecer a Trotsky asilo político.
Es del conocimiento popular que la barda que resguardaba el edificio de la Aduana dio origen a la Torta de la Barda un platillo muy popular en la zona sur de Tamaulipas.
En la actualidad las instalaciones del edificio están abiertas al público.