Aenigmarchaeota es un filo candidato del dominio Archaea propuesto en 2013.
[1] Han sido encontradas en las aguas residuales de minas y en sedimentos de fuentes termales.
Son simbiontes obligados de las bacterias del filo Chloroflexota.
[2] Forma parte del clado DPANN, junto con los también candidatos Diapherotrites, Parvarchaeales, Nanohaloarchaeota, e Nanoarchaeota, cuyas iniciales forman el acrónimo DPANN.
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